Genomic constitution of diploid species of the genus Avena L. with A-genome according to the data of the next-generation sequencing (NGS)
УДК 575.17:582.52
DOI:
https://doi.org/10.14258/pbssm.2021066Keywords:
A-genome, NGS, oats, phylogeny, PoaceaeAbstract
For diploid (2x) species with the A-genome, as well as for hexaploid (6x) from the genus Avena, a locus-specific next-generation sequencing (NGS) of the sequence of the region of the internal transcribed spacer ITS1 and the beginning of the 5.8S rRNA gene was carried out on the Illumina platform. The high diversity and heterogeneity of the genomes of diploid species are shown. It was revealed that the genomes of modern diploid oat species are relatively far removed from the hexaploid species. It was found that A. canariensis occupies an isolated position among other diploid species, and also takes only an insignificant role in the formation of hexaploid genomes.
Downloads
Download data is not yet available.
References
Камелин Р. В. Особенности видообразования у цветковых растений // Труды Зоологического института РАН, 2009. – Приложение № 1. – С. 141–149.
Лоскутов И. Г. Овес (Avena L.). Распространение, систематика, эволюция и селекционная ценность. – СПб.: ГНЦ РФ ВИР, 2007. – 336 с.
Лоскутов И. Г. Межвидовые скрещивания в роде Avena L. // Генетика, 2001. – Т. 37. – C. 581-590.
Родионов А. В., Гнутиков A. А., Коцинян А. Р., Коцеруба В. В., Носов Н. Н., Пунина Е. О., Райко М. П., Тюпа Н. Б., Ким Е. С. Последовательность ITS1–5.8S рДНК–ITS2 в генах 35S рРНК как маркер при реконструкции филогении злаков (сем. Poaceae) // Уcпехи современной биологии, 2016. – Т. 136, № 5. – С. 419–438.
Baum B. R. Oats: wild and cultivated. A monograph of the genus Avena L. (Poaceae). – Canada. monogr., 1977. – 463 pp.
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. – Vol. 9, № 10. – P. 1657–1660. DOI:10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Ladizinsky G. Studies in Oats Evolution. – Heidelberg e.a.: Springer, 2012. – 87 p.
Loskutov I. G., Rines H. W. Avena L. In: Kole C. (ed) Wild crop relatives: genomic and breeding resources. –Heidelberg: Springer, 2011. – P. 109–184.
Múrias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. – Vol. 32, № 4. – P. 627–628. DOI:10.1093/bioinformatics/btv636
Лоскутов И. Г. Овес (Avena L.). Распространение, систематика, эволюция и селекционная ценность. – СПб.: ГНЦ РФ ВИР, 2007. – 336 с.
Лоскутов И. Г. Межвидовые скрещивания в роде Avena L. // Генетика, 2001. – Т. 37. – C. 581-590.
Родионов А. В., Гнутиков A. А., Коцинян А. Р., Коцеруба В. В., Носов Н. Н., Пунина Е. О., Райко М. П., Тюпа Н. Б., Ким Е. С. Последовательность ITS1–5.8S рДНК–ITS2 в генах 35S рРНК как маркер при реконструкции филогении злаков (сем. Poaceae) // Уcпехи современной биологии, 2016. – Т. 136, № 5. – С. 419–438.
Baum B. R. Oats: wild and cultivated. A monograph of the genus Avena L. (Poaceae). – Canada. monogr., 1977. – 463 pp.
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. – Vol. 9, № 10. – P. 1657–1660. DOI:10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Ladizinsky G. Studies in Oats Evolution. – Heidelberg e.a.: Springer, 2012. – 87 p.
Loskutov I. G., Rines H. W. Avena L. In: Kole C. (ed) Wild crop relatives: genomic and breeding resources. –Heidelberg: Springer, 2011. – P. 109–184.
Múrias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. – Vol. 32, № 4. – P. 627–628. DOI:10.1093/bioinformatics/btv636
Downloads
Published
2021-09-20
Issue
Section
Статьи
How to Cite
Genomic constitution of diploid species of the genus Avena L. with A-genome according to the data of the next-generation sequencing (NGS): УДК 575.17:582.52. (2021). Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, 20(1), 333-335. https://doi.org/10.14258/pbssm.2021066
