Study of the genomic constitution of some species of the genus Deschampsia P. Beauv. (Aveneae Dumort., Poaceae)
УДК 582.542.1:575.17
DOI:
https://doi.org/10.14258/pbssm.2021118Keywords:
Avenella, Deschampsia, NGS, phylogeny, PoaceaeAbstract
For 7 species of the genus Deschampsia of different geographical origin and Avenella flexuosa, a locus-specific next-generation sequencing (NGS) of the region of internal transcribed spacer ITS1 and beginning of the 5.8S rRNA gene was carried out on the Illumina platform. It has been shown that species related to D. cespitosa form a common network of ribotypes, while D. pamirica and northern and subantarctic specimens of Deschampsia have their own unique ri-botype groups. It was revealed that the ribotypes of A. flexuosa occupy a separate position and have little relation to related species Deschampsia.
Downloads
Download data is not yet available.
References
Камелин Р. В. Декции по систематике растений. Главы теоретической систематики растений. - Барнаул: Издательство «Азбука», 2004. - 228 с.
Камелин Р. В. Особенности видообразования у цветковых растений // Труды Зоологического института РАН, 2009. - Приложение № 1. - С. 141-149.
Родионов А. В., Гнутиков A. А., Коцинян А. Р., Коцеруба В. В., Носов Н. Н., Пунина Е. О., Райко М. П., Тюпа Н. Б., КимЕ. С. Последовательность ITS1-5.8S рДНК-ITS2 в генах 35S рРНК как маркер при реконструкции филогении злаков (сем. Poaceae) // Утехи современной биологии, 2016. - Т. 136, № 5. - С. 419-438.
Цвелев Н. Н., Пробатова Н. С. Злаки России. - СПб-Владивосток: Товарищество научных изданий КМК, 2019. - 646 с.
Amosova A. V., Bolsheva N. L., Zoshchuk S. A., Twardovska M. O., Yurkevich O. Yu., Andreev I. O., Samatadze T. E., Badaeva E. D., Kunakh V. A., Muravenko O. V. Comparative molecular cytogenetic characterization of seven Deschampsia (Poaceae) species // PLoS ONE, 2017. - Vol. 12(4). - e0175760. DOI: 10.1371/journal.pone.0175760
Chiapella J. A molecular phylogenetic study of Deschampsia (Poaceae: Aveneae) inferred from nuclear ITS and plastid trnL sequence data: Support for the recognition of Avenella and Vahlodea // Taxon, 2007. - Vol. 56(1). - P. 55-64. DOI: 10.2307/25065735
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. - Vol. 9, No 10. - P. 1657-1660. DOI: 10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Gnutikov A. A., Myakoshina Ju. A., Nosov N. N., Punina E. O., Rodionov A. V. IAPT chromosome data 32/5 (K. Mar-hold & J. Kucera (eds.), & al.) // Taxon, 2020. - Vol. 69, No 5. - P. 1128-1129. E9-E10. DOI:10.1002/tax.12322
Krahulcova A. Chromosome numbers in selected monocotyledons (Czech Republic, Hungary, and Slovakia) // Preslia, 2003. - Vol. 75. - P. 97-113.
Murias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. - Vol. 32, No 4. - P. 627-628. D0I:10.1093/bioinformatics/btv636
Quintanar A., Castroviejo S., Catalan P. Phylogeny of tribe Aveneae (Pooideae, Poaceae) inferred from plastid trnT-F and nuclear ITS sequences // American Journal of Botany, 2007. - Vol. 94. - P. 1554-1569.
Rodionov A. V., Nosov N. N., Kim E. S., Machs E. M., Punina E. O., Probatova N. S. The origin of polyploid genomes of bluegrasses Poa L. and gene flow between northern Pacific and Sub-Antarctic islands // Russian Journal of Genetics, 2010. - Vol. 46, No 12. - P. 1407-1416. DOI: 10.1134/S1022795410120021
Soreng R. J., Peterson P. M., Romaschenko K., Davidse G., Zuloaga F. O., Judziewicz E. J., Filgueiras T. S., Davis J. I., Morrone O. A worldwide phylogenetic classification of the Poaceae (Gramineae) // J. Syst. Evol. 2015. -Vol. 53. - P. 117-137.
Камелин Р. В. Особенности видообразования у цветковых растений // Труды Зоологического института РАН, 2009. - Приложение № 1. - С. 141-149.
Родионов А. В., Гнутиков A. А., Коцинян А. Р., Коцеруба В. В., Носов Н. Н., Пунина Е. О., Райко М. П., Тюпа Н. Б., КимЕ. С. Последовательность ITS1-5.8S рДНК-ITS2 в генах 35S рРНК как маркер при реконструкции филогении злаков (сем. Poaceae) // Утехи современной биологии, 2016. - Т. 136, № 5. - С. 419-438.
Цвелев Н. Н., Пробатова Н. С. Злаки России. - СПб-Владивосток: Товарищество научных изданий КМК, 2019. - 646 с.
Amosova A. V., Bolsheva N. L., Zoshchuk S. A., Twardovska M. O., Yurkevich O. Yu., Andreev I. O., Samatadze T. E., Badaeva E. D., Kunakh V. A., Muravenko O. V. Comparative molecular cytogenetic characterization of seven Deschampsia (Poaceae) species // PLoS ONE, 2017. - Vol. 12(4). - e0175760. DOI: 10.1371/journal.pone.0175760
Chiapella J. A molecular phylogenetic study of Deschampsia (Poaceae: Aveneae) inferred from nuclear ITS and plastid trnL sequence data: Support for the recognition of Avenella and Vahlodea // Taxon, 2007. - Vol. 56(1). - P. 55-64. DOI: 10.2307/25065735
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. - Vol. 9, No 10. - P. 1657-1660. DOI: 10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Gnutikov A. A., Myakoshina Ju. A., Nosov N. N., Punina E. O., Rodionov A. V. IAPT chromosome data 32/5 (K. Mar-hold & J. Kucera (eds.), & al.) // Taxon, 2020. - Vol. 69, No 5. - P. 1128-1129. E9-E10. DOI:10.1002/tax.12322
Krahulcova A. Chromosome numbers in selected monocotyledons (Czech Republic, Hungary, and Slovakia) // Preslia, 2003. - Vol. 75. - P. 97-113.
Murias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. - Vol. 32, No 4. - P. 627-628. D0I:10.1093/bioinformatics/btv636
Quintanar A., Castroviejo S., Catalan P. Phylogeny of tribe Aveneae (Pooideae, Poaceae) inferred from plastid trnT-F and nuclear ITS sequences // American Journal of Botany, 2007. - Vol. 94. - P. 1554-1569.
Rodionov A. V., Nosov N. N., Kim E. S., Machs E. M., Punina E. O., Probatova N. S. The origin of polyploid genomes of bluegrasses Poa L. and gene flow between northern Pacific and Sub-Antarctic islands // Russian Journal of Genetics, 2010. - Vol. 46, No 12. - P. 1407-1416. DOI: 10.1134/S1022795410120021
Soreng R. J., Peterson P. M., Romaschenko K., Davidse G., Zuloaga F. O., Judziewicz E. J., Filgueiras T. S., Davis J. I., Morrone O. A worldwide phylogenetic classification of the Poaceae (Gramineae) // J. Syst. Evol. 2015. -Vol. 53. - P. 117-137.
Downloads
Published
2021-12-20
Issue
Section
Статьи
How to Cite
Study of the genomic constitution of some species of the genus Deschampsia P. Beauv. (Aveneae Dumort., Poaceae): УДК 582.542.1:575.17. (2021). Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, 20(2), 48-51. https://doi.org/10.14258/pbssm.2021118
